- Trồng rau thủy canh vẫn kén chỗ có ánh sáng để phục vụ cho cây trồng quang hợp.Vốn đầu tư ban đầu cao do chí phí về trang thiết bị.
- Đòi hỏi trình độ chuyên mộ kỹ thuật cao để sản xuất có hiệu quả. Trong quá trình hấp thu các chất dinh dưỡng, thực vật làm thay đổi độ pH trong dung dịch thủy canh. Do đó, cần phải điều chỉnh pH mồi ngày.
- Ngoài ra, những yếu tố thay đổi đột ngột môi trường cũng như việc cung cấp chất dinh dưỡng hay tưới nước không đúng có thể gây ra những triệu chứng rối loạn sinh lý ở cây (như hiện tượng thối quả cà chua, nứt quả cà chua).