Thế kỷ 18, khi cuộc khởi nghĩa Tây

Thế kỷ 18, khi cuộc khởi nghĩa Tây Sơn diễn ra ở miền Nam, chúa Trịnh đánh chiếm Quảng Nam dinh năm 1775, cảng thị Hội An rơi vào cảnh chiến tranh loạn lạc. Sau khi chiếm được Hội An, quân Trịnh đã triệt phá những nhà cửa thuộc khu vực thương mại, chỉ để lại các công trình tín ngưỡng. Nhiều nhân vật quan trọng của dòng họ Nguyễn cùng những thương gia người Hoa giàu có đã di cư vào miền Nam, mang theo của cải và lập nghiệp tại Sài Gòn - Chợ Lớn, để lại một Hội An điêu tàn, đổ nát. Năm 1778, một người Anh Charles Chapman đi qua đây sau thời Tây Sơn đã ghi lại: "Khi tới Hội An, thành phố lớn này chẳng còn lại là bao những khu phố được quy hoạch quy củ với những ngôi nhà xây bằng gạch, đường lát đá mà chỉ thấy một cảnh hoang tàn làm cho ta cảm thấy xót xa. Trời ơi, những công trình ấy bây giờ chỉ còn đọng lại trong ký ức mà thôi. Khoảng 5 năm sau, cảng thị Hội An mới dần dần hồi sinh, hoạt động thương mại được phục hồi nhưng không được như trước. Người Việt cùng người Hoa cùng xây lại thành phố từ những đống đổ nát cũ, những ngôi nhà mới mọc lên theo kiến trúc của họ và vô tình, dấu vết của khu phố Nhật Bản đã bị xóa đi mãi mãi.
Thế kỷ 19, cửa sông Cửa Đại ngày càng bị thu hẹp lại và con sông Cổ Cò cũng bị phù sa bồi lấp, khiến các thuyền lớn không còn ghé được cảng Hội An. Bên cạnh đó, triều đình nhà Nguyễn cũng thực hiện chính sách đóng cửa, hạn chế quan hệ với nước ngoài, đặc biệt các quốc gia phương Tây. Từ đó, Hội An dần suy thoái, mất đi vị thế cảng thị quốc tế quan trọng.[28] Mặc dù vậy, với vai trò một trung tâm thương nghiệp lớn, thành phố vẫn được phát triển, những con đường mới về phía Nam dòng sông được xây dựng và các khu phố được mở rộng thêm.. Năm Minh Mạng thứ 5, nhà vua có qua Hội An, nhận thấy nơi đây không còn sầm uất như xưa, nhưng vẫn hưng thịnh hơn các thị trấn khác của người Việt. Năm 1888, khi Đà Nẵng trở thànhnhượng địa của Pháp, nhiều người Hoa tới đó để bỏ vốn lập các cơ sở vận tải, thương mại, một số khác tiếp tục duy trì hoạt động kinh doanh ở cả Hội An và Đà Nẵng. Nhưng do giao thông đường thủy ngày càng trở nên khó khăn, cùng với chính sách phát triển Đà Nẵng của người Pháp, hoạt động thương nghiệp ở Hội An dần bị đình trệ. Mặc dù vậy, phần lớn các kiến trúc nhà ở trong khu phố cổ, các hội quán còn lại đến ngày nay đều có hình dáng được tạo nên từ giai đoạn này.
Đầu thế kỷ 20, tuy mất đi vai trò cảng thị quan trọng, hoạt động buôn bán ở Hội An chưa khi nào chấm dứt và nơi đây vẫn là thị xã, thủ phủ của tỉnh Quảng Nam. Khi tỉnh Quảng Nam-Đà Nẵng được thành lập vào năm 1976, thành phố Đà Nẵng trở thành tỉnh lỵ của tỉnh mới, Hội An rơi vào một thời kỳ bị quên lãng. Chính nhờ sự thay đổi vai trò trong lịch sử, cộng với nhiều yếu tố khác nên Hội An đã may mắn tránh được sự biến dạng của quá trình đô thị hóa mạnh mẽ ở Việt Nam trong thế kỷ 20. Từ thập niên 1980, Hội An bắt đầu nhận được sự chú ý của các học giả Việt Nam, Nhật Bản và phương Tây. Tại kỳ họp lần thứ 23 từ 29 tháng 11 đến 4 tháng 12 năm 1999 ở Marrakech, Tổ chức Giáo dục Khoa học và Văn hóa Liên Hiệp Quốc đã ghi tên Hội An vào danh sách các di sản thế giới. Đô thị cổ Hội An dần phồn vinh trở lại nhờ những hoạt động du lịch