Nền nông nghiệp Nhật Bản giữ vai trò thứ yêu chiếm 1% GDP và 14% diện tích lãnh thổ. Địa hình rất phù hợp để trồng các cây công và nông nghiệp. Ngoài lúa nước là câu trồng chủ yếu thì còn ngũ cốc rau củ quả như dưa chuột, táo, hoa anh đào, cà chua,… Các nghề chăn nuôi và đánh bắt hải sản cũng phát triển.