Đại học của Nhật có 2 hình thức tổ chức: chuyên khoa (chỉ giảng dạy một ngành) chiếm khoảng 53% và đa khoa (giảng dạy nhiều ngành, theo nhiều khoa, trong đó lại có nhiều phân khoa khác nhau) chiếm 47%. Các ngành khoa học xã hội và nhân văn cũng như các ngành khoa học kỹ thuật chiếm phần lớn với khoa học xã hội 39,6%, khoa học nhân văn 16,6%, khoa học kỹ thuật 18,6%.