Mặc dù lúa nước rõ ràng là cây trồng quan trọng nhất ở Nhật Bản, nhưng người Nhật canh tác cả các loại ngũ cốc khác, như là lúa mạch để cung cấp rượu bia. Rất nhiều loại rau quả, như cà chua, dưa chuột, khoai lang, rau diếp, táo, củ cải và quả anh đào cũng được gieo trồng. Chăn nuôi tương đối phát triển. Sản lượng hải sản đánh bắt hàng năm lớn (4.596,2 nghìn tấn cá, năm 2003.