Về đầu tư, Nhật Bản là một trong những đối tác lớn nhất của Việt Nam với hơn 37,7 tỷ USD vốn đăng ký đầu tư trong 2.661 dự án còn hiệu lực, trên tất cả các lĩnh vực trọng yếu của nền kinh tế, góp phần thúc đẩy tăng trưởng và thay đổi cơ cấu nền kinh tế như công nghiệp chế biến chế tạo, kinh doanh bất động sản, xây dựng…. Kim ngạch ngoại thương Việt Nam – Nhật Bản tăng theo từng năm, năm 2014 đạt trên 27,6 tỷ USD, 8 tháng đầu năm 2015 đạt 19 tỷ USD.