Năm học ở Nhật Bản bắt đầu vào 1 tháng 4 hàng năm và kết thúc vào 31 tháng 3 năm sau. Số ngày nghe giảng ở trường là khoảng 210 ngày (khoảng 35 tuần) bao gồm cả những kì thi học kì. Kì nghỉ đông thường từ cuối tháng 12 đến đầu tháng giêng và nghỉ xuân từ cuối tháng 2 đến đầu tháng 4. Hầu hết các trường đại học có hai học kì. Các môn học được bố trí rải đều trong cả năm. Các trường học đều áp dụng hệ thống học phần trừ các khóa học về ngành y và nha khoa. Cuối mỗi khóa học, sinh viên phải qua kì kiểm tra đã định kết thúc môn học. Thông thường, các môn thi ở Nhật đều thi viết, không thi vấn đáp. Mặc dù có khác nhau giữa các trường, nhưng nhìn chung, để tốt nghiệp, sinh viên thường phải hoàn thành tối thiểu khoảng 124 học phần . Khi sinh viên tốt nghiệp các trường đại học, có thể tiếp tục học các khóa sau đại học với điều kiện phải qua được kỳ thi tuyển chọn vào viện đại học do các trường tổ chức. Chi tiết về các kì thi tuyển chọn này sẽ được hướng dẫn cụ thể trong các cuốn sách “Hướng dẫn thi” do các trường phát hành. Tương tự, sinh viên đã tốt nghiệp các khóa thạc sĩ có thể tiếp tục khóa đào tạo tiến sĩ, với điều kiện thi đỗ kỳ thi tuyển chọn do các trường tổ chức.
Những người hoàn thành khóa học Thạc sĩ thì được cấp giấy chứng nhận học vị Thạc sĩ và những người hoàn thành khóa Tiến sĩ thì được cấp giấp chứng nhận học vị Tiến sĩ . Học vị Thạc sĩ được phong cho sinh viên đã hoàn thành tối thiểu số học phần yêu cầu trong thời gian tối thiểu 2 năm và qua kì thi bảo vệ luận văn Thạc sĩ; học vị Tiến sĩ được phong cho những ai theo học suốt 5 năm và 3 năm và đã hoàn thành số học phần yêu cầu về chuyên môn, đồng thời qua được kì thi bảo vệ luận văn Tiến sĩ. Một số trường đại học của Nhật Bản cho phép những sinh viên xuất sắc rút ngắn thời gian học để lấy bằng Thạc sĩ và Tiến sĩ nhưng vẫn phải đảm bảo các yêu cầu về học phần và luận văn tốt nghiệp. Trong quá trình học tập và nghiên cứu để nhận bằng Tiến sĩ bạn sẽ còn phải hoàn thành một số bài báo khoa học đăng trên các tạp chí khoa học chuyên ngành quốc tế hoặc Nhật Bản.