Trong nước dùng của bún, người Huế thường nêm vào một ít mắm ruốc, góp phần làm nên hương vị rất riêng của nồi bún bò Huế. Sau khi xương bò được hầm chín tới, người ta thường thêm vào một ít chả heo hay chả cua được quết nhuyễn. Thịt bò có thể được cắt mỏng, nhúng vào nước dùng đang sôi trước khi cho vào tô bún (gọi là thịt bò tái). Người ta cũng thường cho thêm một ít ớt bột và gia vị vào tô bún rồi ăn với rau sống gồm giá, rau thơm, xà lách, rau cải con, bắp chuối cắt nhỏ.